Chùa tọa lạc dưới chân đồi Hòn Thiên, số 143 đường Đặng Huy Trứ, phường Phước Vĩnh, thành phố Huế, tỉnh Thừa Thiên Huế. Chùa do Thiền sư Nguyên Thiều khai sáng vào khoảng cuối thế kỷ 17, mang tên chùa Vĩnh Ân. Nhiều nhà nghiên cứu phỏng định chùa được khai sơn từ năm 1682 đến năm 1684, vào đời chúa Hiền Vương Nguyễn Phúc Tần (1648-1687). Năm 1684, chúa Nguyễn Phúc Tần đã ban cho ngài Nguyên Thiều một ngân khoản để xây sửa chùa Vĩnh Ân. Tháp Phổ Đồng cũng được xây vào lúc này. Tác giả Hà Xuân Liêm trong sách Những ngôi chùa Huế cho biết: “… Và có lẽ tháp Phổ Đồng cũng được xây vào lúc này, bằng vôi gạch, cao vài ba tầng ở góc đông nam vườn chùa. Tháp Phổ Đồng có thể để thờ những người có công đức với chùa nhưng không còn con cháu; cũng như thờ các bậc tể quan, hoặc các nhà sư, các thầy trong sơn môn mà chưa có quyền xây tháp mộ theo giáo lễ; cho nên mới dùng chữ “Phổ” có nghĩa là chung và “Đồng” có nghĩa là bình đẳng vậy”.