Quốc sư tên thật là Nguyễn Tấn Giao, sinh năm Kỷ Tỵ (1869) tại làng Phú Thành, phủ An Nhơn, nay là ấp Phú Thành, xã Nhơn Thành, huyện An Nhơn, tỉnh Bình Định. Thân phụ là cụ Nguyễn Chánh Niệm, tự Hòa Bình, thân mẫu là cụ Nguyễn Thị Lãnh, ông bà đều là những Phật tửthuần thành. Năm 12 tuổi (1881), Ngài được cha mẹ cho phép xuất giatại chùa Thập Tháp, thọ giới với Hòa thượng Chí Tịnh (Minh Lý) được ban pháp hiệu là Phước Huệ. Một thời gian sau, Ngài được Bổn sư cho tới chùa Tịnh Lâm ở huyện Phù Cát, Bình Định theo học với Hòa thượng chùa Châu Long là Ngài Từ Mẫn. Năm 19 tuổi, Ngài trở về giữ chức Thủ khố của Tổ đình Thập Tháp. Năm 20 tuổi Ngài vào chùa Từ Quang ở Đá Trắng huyện Tuy An, tỉnh Phú Yên theo học với Hòa thượng Luật Truyền (Pháp Chuyên). Ngài thọ đại giới năm 1889 và đắc pháp năm 1892 với Hòa thượng Luật Truyền.

Chơn quyền diệu mật, Thị hóa tích ư nhơn thiên, Thể tánh viên minh, Khế huyền cơ ư Phật Tổ. Cung duy: Sắc tứ Thập Tháp phương trượng, Phước Huệ tự tổ, Quốc sư Tôn giả, tác đại chứng minh! Dữ: Tổ ấn thiền tâm, Hoán Bích môn trung, Diệu kham di chúc Vị nhơn bồi Phật chủng, Thiên đồng từ hạ, Mật phú tâm tôn. Ức tích... Tôn ông: Trần duyên thác chất Mộng trạch thê thần,