Chùa có lịch sử lâu đời nhờ căn cứ vào 4 sắc phong do Vua ban cho chùa-đình của làng còn lưu giữ được từ đời Tự Đức, Đồng Khánh, Thành Thái và Duy Tân. Nhưng qua bao năm tháng đất nước điêu linh, chiến tranh loạn lạc, người Pháp phá chùa huỷ đình để lập đồn lập bót, chùa làng nhỏ bé đơn sơ có tên Linh Sơn phải di dời nhiều lần cho đến khi được tái tạo trên một ngọn đồi cao thoai thoải có hình dạng như mai rùa nổi lên giữa tứ bề là ruộng đồng mênh mông yên ắng. Các bản sắc phong quý giá này đã được nhà chùa bàn giao cho cơ quan Bảo tồn Văn hoá tiếp nhận quản lý, rồi được giao lại cho bên Đình gìn giữ nghiêm mật trong tủ két, chỉ mang ra khi làng có tổ chức lễ lạt hội hè…