Chùa được thành lập vào khoảng năm 1938-1940. Trong thời kỳ chấn hưng Phật Giáo, chùa chỉ là trụ sở của Chi hội Phật học quận Diên Khánh, trực thuộc An Nam Phật Học Hội. Về sau, chùa là nơi đặt trụ sở Ban Trị Sự Giáo hội Phật giáo Việt Nam huyện Diên Khánh. Mùa hạ năm 1972, Đại lão Hòa thượng Thích Giác Nhiên - Đệ nhị Tăng Thống (Ôn Thuyền Tôn), cùng Đại lão Hòa thượng Thích Giác Nguyên (Ôn Tây Thiên) từ Huế di tản vào Khánh Hòa, đã tạm trú chốn già lam này. Nhân phước duyên đó, chư Tăng cùng Phật tử địa phương phát tâm đúc Đại Hồng Chung cúng dường Tam Bảo, được nhị vị Trưởng lão Hòa thượng chứng minh, Hoà thượng Giác Nhiên đã đặt tên cho chùa là "Miên Trường Tự", với ý nghĩa lâu dài thường trụ.

Hôm ấy, một buổi sáng đẹp trời, khoảng 8 giờ, tôi đang ngồi học tại bàn riêng của mình thì thấy thầy Trừng San vén màn bước vào, tôi liền đứng dậy định chấp tay chào Thầy thì Thầy đưa tay ấn nhẹ vai tôi ra hiệu tôi ngồi xuống.

Hòa thượng Thích Trừng San, pháp tự Minh Hiền, hiệu Hải Tuệ, thế danh Nguyễn San sau đổi là Trần Văn Lâu, nối pháp đời thứ 42 dòng Lâm Tế Liễu Quán. Ngài sinh năm Nhâm Tuất (1922), tại thôn Phú Khánh, xã Diên Thạnh, huyện Diên Khánh, tỉnh Khánh Hòa.

Ngài đã nêu cao tinh thần Bi, Trí, Dũng phục vụ chúng sinh, cống hiến trọn vẹn đời mình cho sự nghiệp chung của đạo pháp và dân tộc Việt Nam. Hòa thượng Thích Trừng San, pháp tự Minh Hiền, hiệu Hải Tuệ, thế danh Nguyễn San sau đổi là Trần Văn Lâu, nối pháp đời thứ 42 dòng Lâm Tế Liễu Quán. Ngài sinh năm Nhâm Tuất (1922), tại thôn Phú Khánh, xã Diên Thạnh, huyện Diên Khánh, tỉnh Khánh Hòa. Năm lên 8 tuổi, được song thân cho xuất gia học đạo với Hòa thượng Phổ Hiện, tại chùa Khánh Long, Diên Khánh. Sau khi Bổn sư viên tịch, Ngài y chỉ với Hòa thượng Chánh Ký, kế vị trụ trì chùa Khánh Long. Năm 1943 được y chỉ sư gửi đến thọ giáo với Hòa thượng Bích Không, trụ trì chùa Hải Đức (Nha Trang).

Cúng Đại Bàng là một nghi thức quan trọng trong lễ cúng Quá Đường mỗi buổi trưa ở các tự viện theo truyền thống Phật Giáo Đại Thừa, đặc biệt là mùa An Cư Kiết Hạ hằng năm. Theo lời thuật lại trong khế kinh, ngày kia Đức Phật đi du hóa gặp một con chim Đại Bàng bắt các loài chim nhỏ ăn thịt.