Ông dạy học từ năm 1959 đến nay, ông chuyên giảng dạy về lịch sử, văn hóa trong ngành sư phạm. Ông từng là giảng viên tại Đại học Khoa học Xã hội Nhân văn Thành phố Hồ Chí Minh. Ông hiện nay là trưởng khoa Việt Nam học của trường Đại học Bình Dương.[2]
Các tác phẩm chínhViệt sử giai thoại, 8 tập - Nhà xuất bản Giáo dụcDanh tướng Việt Nam, 5 tập - Nhà xuất bản Giáo dụcThế thứ các triều vua Việt NamĐại cương lịch sử cổ trung đại Việt NamCác đời đế vương Trung Hoa - Nhà xuất bản Giáo dụcĐại cương lịch sử văn hóa Việt Nam (5 tập)Trông lại ngàn xưa (3 tập)Giai thoại dã sử Việt NamCác tác phẩm dịch và hiệu đính[sửa | sửa mã nguồn]Phủ Biên tạp lục, Lê Quý ĐônĐại Việt thông sử, Lê Quý ĐônKiến văn tiểu lục, Lê Quý ĐônVân đài loại ngữ, Lê Quý ĐônHà Tiên trấn Hiệp trấn Mạc thị gia phả - Vũ Thế DinhÔ Châu cận lục, Dương Văn AnĐại Nam quốc sử diễn ca, Lê Ngô Cát, Phạm Đình ToáiKỷ lục Việt Nam[sửa | sửa mã nguồn]Đầu tháng 11/2011, Trung tâm sách kỷ lục Việt Nam đã công nhận Nhà sử học Nguyễn Khắc Thuần đã đạt kỷ lục Việt Nam cho hai nội dung sau:
Công trình dịch thuật, hiệu đính và chú giải sách chữ Hán cổ lớn nhất do một người thực hiện (Bộ sách Lê Quý Đôn tuyển tập - 8 tập, Nhà xuất bản Giáo dục Việt Nam).Công trình lớn nhất về lịch sử văn hoá Việt Nam do một người biên soạn (Bộ sách Đại Việt sử lược - 5 tập, Nhà xuất bản Giáo dục Việt Nam).[3]Hình tượng sơ khai Bài viết tiểu sử này vẫn còn sơ khai. Bạn có thể giúp Wikipedia bằng cách mở rộng nội dung để bài được hoàn chỉnh hơn.