Dù một số học giả cho rằng Mật điển của Phật giáo phát xuất từ Ấn giáo (Hinduism), điều này không đúng. Lý thuyết này thịnh hành trong số những người theo học thuyết Tiểu thừa, dựa trên sự tương đồng bề ngoài của các yếu tố trong hai hệ thống, chẳng hạn như sắc tướng của các Hộ Phật, pháp thiền quán về kinh mạch và khí, nghi lễ lửa, v.v... Tuy một số hành trì như trì tụng mật chú đều phổ biến trong cả hai truyền thống Mật điển Ấn giáo và Phật giáo, sự diễn dịch của chúng, ý nghĩa nội tại, có một sự khác biệt lớn. Hơn nữa, Mật điển Phật giáo cao cấp hơn, bởi vì không như Ấn giáo, nó chứa đựng ba điểm tinh yếu của đường tu giác ngộ: tâm xả ly, bồ đề tâm và chánh kiến về tánh Không.